北棕蝠青海亚种（学名：Eptesicus nilssoni centrasiaticus），Bobrinskii于1926年命名。在中国大陆，分布于甘肃、四川、青海、内蒙古、宁夏等地。该物种的模式产地在青海鄂陵湖。

北棕蝠新疆亚种（学名：Eptesicus nilssoni kashgaricus），Bobrinskii于1926年命名。在中国大陆，分布于新疆等地。该物种的模式产地在新疆喀什附近。