DNA序列中的碱基被替换、插入或删除。同源重组在两段DNA序列在同一或相似的序列区域发生配对连接，而且至少有一端进行了切割和重新组合，在这个过程中，由于DNA链断开和重组导致DNA序列的改变，很容易发生突变，这些突变会是单个碱基替换、插入或删除，也是较长片段的重排列，从而导致基因的变异和多样性，进而影响生物体的性状和功能。同源重组是指两条或两段序列相互配对，并在同源区域进行连接和切割，从而形成新的DNA分子的过程。