细胞结构不同、种类不同。

1、细胞结构不同：蓝细菌没有叶绿体和真正的细胞核，蓝细菌旧名蓝藻或蓝绿藻，是原核生物，而绿眼虫有细胞核，属于真核单细胞动物。

2、种类不同：蓝细菌细胞里含有叶绿素，无鞭毛，能够进行光合作用释放氧气，属于藻类植物，而绿眼虫是单细胞动物，但又含有叶绿体，可以通过体表吸收溶解水中的有机物。