独立学院与民办学院在学制、设立依据、自主性、毕业证书、学费以及招生批次上存在显著差异。独立学院专注于本科教育，而民办学院则提供了本科、专科两个层次的教育。

独立学院由教育部根据行政规章设立，而民办学院则根据《民办教育促进法》进行设立，拥有相对独立的法律地位。

民办学院以其独特的组织结构、师资力量及颁发毕业证书的自主权脱颖而出。而独立学院则常与一所著名大学合作，共享资源，特别是在师资力量方面。在毕业证书的使用上，独立学院优秀毕业生有推荐使用挂名院校证书的机会，但证书形式可能有细微差别。相比之下，民办学院毕业生则拥有专属的毕业证书。

独立学院因非公办属性，学费普遍较高，通常在万元以上，且多在本科三批招生，但随着政策调整，不少地区已合并至本科二批招生。