南昌理工学院本科教育的学费设置因专业而异。理学类本科专业每生每年的费用为23500元，艺术类本科专业的学费为28000元每生每年。飞行技术本科专业的学费是23900元每生每年。对于与韩国合作的本科项目，学费定为29000元每生每年。文理类专科教育的学费为每生每年15000元，艺术类专科教育，包括空中乘务专业，每生每年的费用为17000元。