结构域属于蛋白质的三级结构。蛋白的结构细分可以有以下几知个层次：

氨基酸序列（一级结构）-二级结构元件（alpha-helix, beta-sheet, turn etc.）-超二级结构（一些二级结构元件组成的简单单元，也称基序或模体 eg. beta-alpha-beta motif）-结构域（由二级结道构元件组成的相对独立，专有一定功能的三维结构）-全肽链三维结构（属三级结构）-亚基组装结构（四级结构）

蛋白质三级结构指的是全长氨基酸序列折叠形成的三维结构，对大部分蛋白而言构成三维结构的是不同结构域和连接它们的loop区。motif结构级别显然不是三级结构范畴。