阜阳市第二人民医院自1972年成立以来，经历了由阜阳行署传染病医院到综合医院的转变。1997年，该院在全国专科医院中开创性地以综合医院标准通过二级甲等评审。2024年，它又在全省率先获得三级甲等传染病专科医院资格，确立了作为三级甲等医院的发展地位，并成为安徽医科大学阜阳临床学院、研究生班教学点和蚌埠医学院的教学医院。医院在多个诊疗技术领域保持阜阳市领先地位，是皖西北地区的医疗、预防、教学和研究中心，其服务覆盖周边多个省市。每年门急诊量达到45万人次，住院病人数量超过三万人次。

医院占地6.07万平方米，是阜城占地面积最大的医院之一。资产总额达2.6亿元，拥有在职员工1100余人，其中包括650名高中级专业技术人员。医院设有1000张编制床位和1200张实际开放床位。传染性疾病治疗部门包括衫坦感染一科、感染二科、感染病ICU、应急病区、结核病科、肝病一科、肝病二科、肝病三科等专业科室。内科部分则设有呼吸内科、肾病科、血液透析中心、心血管内科、神经内科、内分泌血液科、消化内科、肿瘤内科和干部（特需）病房。外科设有普外科、胸心外科、神经外科、泌尿外科、血管外科、骨一科、骨二科、妇科、产科、男科、皮肤科等。其他临床学科包括儿科、急诊科、重症医学科、耳鼻喉科、口腔科、眼科、高压氧科、麻醉科和手术室。医技科室则拥有CT室、磁共振室、放射科、介入诊疗科、超声科、功能检查科、检验科、PCR实验室、病理科和系列内镜检查科等50个学科，还包括中西医结合肝病研究所和健康体检中心。医院中，呼吸科是安徽省临床医学特色学科，肾脏病科是阜阳市临床医学重点学科，而血液净化科、骨科、胸心外科、肝病科、感染科和结核科则是阜阳市的特色学科。