宋、辽、金、元四朝，战争频仍，社会动荡不安，疾病肆虐，如何有效治疗疾病成为医学界亟待解决的难题。因此，尽管气功在汉唐时期曾盛行一时，但并未被医学界主流排斥。金元时期，医学界四大名医之一、寒凉派代表人物刘完素在其著作《素问病机气宜保命集》中，就有关于气功养生的记载：“吹嘘呼吸，吐故纳新……此皆修真之要也”。这表明，气功在当时仍被视为重要的养生方法。

金元四大家之一的李东垣也对气功有着深刻的认识。他认为：“夜半收心静坐少时，此生发周身血气之大要也”。他还主张“安于淡泊，少思寡虑。省语以养气，不妄作劳以养形，虚心以维神”。此外，攻下派的张子和也将导引吐纳列为治病方法之一，进一步强调了气功在医学实践中的重要性。

明至清末，气功在医学界的地位进一步提升，气功养生的著作也逐渐增多。明代名医张景岳在《类经》一书中，对气功进行了客观评价，指出：“虽轩岐之教，初未尝废恬淡虚无，呼吸精气之说，然而缓急之宜，各有所用，若于无事之时，因其固有而存之养之，亦是为却病延年之助，此修养之道，而能及其妙者，固不可不知也。至于疾病既成，营卫既乱，欲舍医药，而望其可除，无可复，则无是理也”。张景岳认为，气功在无事之时的练习，可以助于延年益寿。

对于气功的具体练习方法，张景岳认为“其下功夫惟《蒋氏调气篇》、《苏氏养生诀》、《李真人长生十六诀》皆得其法，足为入门之阶”。这些著作不仅为气功爱好者提供了具体的练习方法，也为医学界提供了宝贵的参考资料。

宋代的《圣济总录》中记载了一种“以意气攻病法”，即通过意念和气息集中于患病部位，以达到治疗效果。清代医家称此法为“运气法”。清代名医张志聪对“运气法”有深刻体验，他曾用此法攻除自身的痈毒，证明了气功疗法的有效性。

此外，明清时期的多位医学名家，如李士材、龚廷贤、龚居中、李时珍、沈金鳌等，都对气功疗法进行了论述，丰富了气功养生理论和实践。