电气工程与自动化专业隶属于电子信息与电气工程学院的电气工程系。电气工程系源于1928年的电机工程学院，历史悠久。1987年改为上海交通大学电力学院，含电力工程系、电机工程系、能源工程系、信息与控制工程系4个系。1998年，根据学科建设需要，能源工程系归并机械与动力工程学院。1999年，学院进行内部体制改革，电力工程系、电机工程系合并为电气工程系。2001年底，电力学院和电子信息学院合并成立电子信息与电气工程学院，同时电力学院下的电气工程系和信息与控制工程系合并成现在的电气工程系。