“有问题是什么意思”这个问题本身就是一个问题。简单来说，一个人提出这个问题，通常是想知道对方所遇到的问题具体是什么，需要更多细节或进一步解释。但是，如果这个问题出现在对话中并且没有进一步的上下文，那么对方可能会感到困惑或者不知道该回答什么。

在某些情境下，“有问题是什么意思”可以传达出附带的疑虑或者不信任。例如， 如果这个问题来自于老板或者上司，他们可能在询问焦虑或者是否有什么不被告知的情况。在这种情况下，要根据情况好好回答，以避免引起误解和不必要的麻烦。

总之，“有问题是什么意思”这个问题并不是一个坏问题，但是需要特定的上下文才能清楚它的含义。如果你向别人发出这个问题，你可能需要更多的细节，以便了解问题的具体内容。而如果你听到别人说这句话，必须记住这个问题可能有外在的含义和背景。