国清寺组织机构健全，形成一套完整的管理体系，各色人等分工明确，各司其职。

寺内设有寺之长方丈、主讲（首座）、监院（当家）、知宾、知客（主管接待）、库房（保管）、僧值（值班）、书记（文书）等职务。

在厨房里，烧火烧水做菜的称“火头”、“水头”、“厨头”，主要负责食物的准备和烹饪。此外，还有主管山林农作、园林的人员，分别被称为“山头”、“田作”和“花匠”等。

寺中大小僧众每天清晨四时左右起床，先在大雄宝殿做一个多小时的早课（诵经），晚上还要做晚课（诵经）。

这样，国清寺通过明确的职责分工和细致的组织管理，确保了寺院的日常运作和宗教活动的顺利进行。

寺内不仅有专门的管理人员负责寺院的行政事务，还有专业人员负责寺内的各项活动和工作，如烹饪、农作、园林等。

早课和晚课是僧众每日的必修课，通过诵经，不仅能够增强僧众的信仰，同时也有助于他们保持内心的平静和修行。

国清寺的组织机构体现了严谨的管理理念和完善的分工体系，确保了寺院的正常运行和宗教活动的顺利进行，为僧众提供了一个和谐、有序的修行环境。