（1）食用意义上的分类

①食用种类 人工栽培的种类多是作为食物直接食用，采集的野生菌也多是如此，这占食用菌的大多数。如人工栽培的香菇、双孢菇、木耳等；野生的牛肝菌、鸡油菌等。

②药用种类 是指子实体或菌丝体直接或经加工提取后的产品可作为药用。如灵芝、天麻等子实体均可切片后作为饮片服用；云芝、茯苓的子实体和菌丝体都可提取加工成中成药；槐耳、冬虫夏草和蛹虫草工业发酵的菌丝体也都可加工成多种药剂等。

③食药兼具种类 多数食用菌类均有一定的食疗作用。如猴头对消化系统疾病有很好的疗效，密环菌对肝炎有较好的辅助疗效，榆耳对痢疾有特效。

（2）营养方式上的分类

①木腐菌 如香菇、滑子菇、木耳等，多以阔叶木本植物的木屑（材）作为栽培基质。野生条件下，常生长于干枯木上。

②草腐菌 如草菇、姬松茸等，不能利用木质材料，而主要以草本植物特别是禾本科植物的秸秆（如麦秸、稻草、玉米芯等）为主要碳源。在野外常见于腐熟的厩肥和腐烂的草堆中。

③粪生菌 如双孢菇、大肥菇等，野生条件下，常见于发酵后的牛粪、马粪的粪堆上；栽培时只可利用草本秸秆，而且需要添加大量的马粪、牛粪、鸡粪、厩肥、化肥等含氮量丰富的原料。

④土生菌 野生条件下，多发生于林地、坡地、水沟旁的地面上。有的其发生处土层下面有其生存的基质（枯枝、腐根等），如鸡腿菇、竹荪等，这类菌较容易人工栽培；而有的则距其生长基质很远，如羊肚菌，这类菌多数不易人工栽培。

（3）子实体形成和发育所要求的温度

①高温菌类 其子实体形成和发育需要较高的温度（常在25℃以上），菌丝体的生长要求温度也高于其他菌类。如草菇子实体形成和发育的适温为30～32℃，其菌丝生长的适温达32～35℃。

②中温菌类 其子实体形成和发育的适宜温度在15～25℃，这类菌的菌丝体生长适温一般在20～25℃，食用菌中这类温型比较多，如香菇、银耳、鸡腿菇、猴头等。

③低温菌类 其子实体形成和发育需要较低的温度，一般低于15℃，高于这一温度则不易形成子实体或不能正常发育。如金针菇和滑菇等。

（4）子实体形态结构上的分类

①伞菌类 顾名思义，伞菌是具有伞状子实体的那些种类，这些伞状的子实体明显分化出菌盖和菌柄两大形态结构，且菌盖的下方生有刀片状的菌褶，菌褶的两侧生有它们的“种子”——担孢子。大多数常见的食用菌为伞菌类，如双孢菇、香菇、金针菇、滑菇等，伞菌多为肉质。

②多孔菌类 多孔菌类的子实体形态多样，有伞状、扇形、块状等多种形状，质地有肉质、半纤维质和木柱质等，但是，它们形态学上的共同特点是：在菌盖下方都有管孔状的繁殖结构。如肉质伞状的牛肝菌、鸡油菌，木柱质扇形的灵芝，肉质块状的猴头和齿菌。

③胶质菌类 胶质菌类的子实体多耳状或叶状，有的呈脑状，质地上多为胶质，如木耳、毛木耳、银耳、金耳、榆耳、血耳等。它们的繁殖体——担孢子，都着生于子实体的表层内，有的生于耳片的一侧，有的则生于两侧。

④子囊菌类 除上述形态学上的几大类群外，尚有一些种类，很难划分形态类群，这些多是人工尚未栽培的种类，如钟形菌盖表面凹凸不平的酷似羊肚的羊肚菌，菌盖酷似马鞍形的马鞍菌，还有不规则块状的块菌。这些菌从分类地位上都距上述三大类群较远，属于子囊菌亚门。

（5）原基形成和发育对光的需求

①喜光型 在散射光的刺激下，促进子实体分化、发育，如香菇、草菇、滑菇、猴头菌、侧耳类、木耳类。

②中间型 对光线反应不敏感，有无散射光均可发育，如双孢菇、大肥菇。

③厌光型 无需散射光刺激均可形成子实体，如茯苓、块菌等地下生的菌类。

食用菌从不同角度进行分类的方法还有很多种，在此不一一而举。