整个剧情是这样的，首先队长带队修理盗取生物武器的九头蛇交叉骨，结果出了疏漏导致平民伤亡，事态愈演愈烈，国防部联合联合国的117个国家拟定了超级英雄监管法案。当即复仇者们因意见相左分成了两派。钢铁侠之所以同意监管法案还是因为一个在奥创事件中丧命的年轻人。

在签订当天，会议遇袭，黑豹的父亲身亡，使得黑豹下定决心手刃嫌犯冬兵而后快。队长在得之冬兵的情报后前往冬兵处协助其躲避反遇黑豹，最后被欧洲反恐组逮捕。泽莫假冒心理鉴定师控制冬兵再次制造了大量人员伤亡事件，钢铁侠决意奋起反击，美队也为了增强实力而“招兵买马”。

小蜘蛛，蚁人，黑豹，鹰眼分别加入了各方阵营。在德国机场上演了一幕大战，蜘蛛侠的精彩表现让人惊艳，巨大化蚁人也让人眼前一亮。总之是八仙过海各显神通，刀枪棍棒各使其利。然而既斗争便有成败，反对派尽皆被俘，赞同派的战争机器重伤残废（想来在斯塔克的超前逆天的科技下这都不是事儿，这也是后话了）。在钢铁侠知道是泽莫男爵陷害冬兵引起两派争端的事实后还是决意去帮助美队对付泽莫。只是意外接踵而来，历史也让人无所适从。当国仇变为家恨，钢铁侠的人生遗憾——父母惨死却系冬兵之手时，冷静顾大局的斯塔克也不能泰然处之了。

虽然最后队长战胜了钢铁侠，不过还是在道义上过意不去而带领一帮成员退居地下。泽莫最后还是没逃脱被捕的结果。黑豹在得知真相后还是帮助了美队暂时封冻了冬兵。只是之后的事，钢铁侠与美队两派之间的转机只有等到复联3才能见到了。