1、从事内容不同：食品加工厂是专从事生产型的企业；食品公司可以从事生产，也可以从事贸易流通型的企业。

2、类型不同：食品加工厂是经济法中独资企业采用的，一般不具有法人资格，是作坊式的；食品公司是用现代管理方式的，公司是法人实体的，具有法人资格。

3、涵盖的范围不同：食品公司比食品加工厂涵盖的范围要广，食品加工厂可以是某食品公司的一个加工厂，或者是这个公司主营的。