1982年2月改名为中国农科院上海家畜血吸虫病研究所，1988年组建了药化研究室，1989年7月更名为中国农科院上海家畜寄生虫病研究所。1996年11月和2000年1月先后在研究所的基础上组建了农业部动物寄生虫学重点开放实验室和上海动物生物技术研究中心，主要研究方向从建所初期单一的动物血吸虫病防治研究拓展到畜禽寄生虫病防治、创新兽药和动物生物技术研究。在原先以动物血吸虫病流行病学、诊断、治疗为主的研究领域基础上，拓展了免疫学、病原分子生物学、动物药学、病原功能基因组学与蛋白质组学、生物信息学、动物疫病防治、兽医公共卫生、动物营养等新的研究领域。2004年在所的基础上组建了国家防治动物血吸虫病专业实验室和动物传染病防治研究室。2004年11月20日，中国农科院专门召开会议讨论确定研究所的学科建设重点：以血吸虫病等重要人、畜共患寄生虫病和严重危害畜牧业生产的畜、禽寄生虫病的防治研究为优势、特色、亮点学科，以创新兽药和动物生物技术应用研究为重点建设学科，以动物医学研究中心组建为契机，积极拓展动物疫病防治研究和兽医公共卫生研究领域，几个学科相辅相成，协调发展，形成具有整体优势的动物医学学科群。

。同时聘请11名造诣精深的国内外寄生虫学、预防兽医学、基因工程学、蛋白质工程院士、专家做研究所的客座研究员。研究所现设有国家防治动物血吸虫病专业实验室、农业部动物寄生虫学重点开放实验室、动物寄生虫病防治研究室、动物药学研究室、上海动物生物技术研究中心、动物传染病防治研究室等6个研究室（中心）、及清洁级实验动物房、大家畜试验场、科技培训部等配套设施。