香港中文大学（深圳）设有多个学院，包含经管学院、理工学院、人文社科学院、数据科学学院、医学院以及音乐学院等。具体学院列表如下，以供参考，具体信息如有变动请以学校官方最新公布为准。

以下为学院列表：

经管学院

理工学院

人文社科学院

数据科学学院

医学院（含生命与健康科学学院）

音乐学院

香港中文大学（深圳），简称“港中大（深圳）（CUHK-Shenzhen）”，为一所经中华人民共和国教育部批准，按照《中外合作办学条例》设立，并继承香港中文大学办学理念和学术体系的大学。它被视为广东省高水平大学重点学科建设的重要组成部分。2024年9月28日，国家教育部正式批准筹建香港中文大学（深圳）；2024年3月21日，国家教育部正式同意批准设立香港中文大学（深圳）。