南京体育学院仙林校区与灵谷寺校区在地理位置、建筑风格及专业设置等方面存在差异。仙林校区位于南京市栖霞区仙林大学城，而灵谷寺校区则地处南京市玄武区灵谷寺路8号，两校区相距较远。

仙林校区的建筑以现代简约风格为主，体现出当代校园的鲜明特色。相反，灵谷寺校区的建筑风格则带有浓厚的民国建筑特色，洋溢着深厚的历史文化底蕴。

专业设置上，仙林校区以体育教育、运动训练和社会体育为主导，专注于体育教育与实践。相比之下，灵谷寺校区则侧重于体育康复和运动人体科学领域，致力于推动体育科学与健康研究。

值得注意的是，南京体育学院的灵谷寺校区已于2024年终止使用，所有师生已迁至仙林校区，为校园发展与教育质量提升开辟了新的篇章。