晚年的黄飞鸿回到“宝芝林”，1919年4个儿子中武艺最精的次子黄汉森，因遭“鬼眼梁”妒嫉，在一次酒醉中被人开枪打死。

1924年10月，广州国民政府镇压商团暴乱，西关一带房屋被毁，仁安街“宝芝林”受牵连被焚，资财付于一炬。

连串打击使黄飞鸿抑郁成疾，于1925年农历3月25日，病逝于广州城西方便医院（当时专门免费收治重危贫民的慈善机构，今改名为广州市第一人民医院），终年77岁。因家贫无钱下葬，由他唯一的女弟子邓秀琼资助，才得以殓葬在广州观音山（佛山黄飞鸿纪念馆梁馆长称，应为现在的广州白云山）下。