沈万三是老病而死的。

沈万三于1392年追随张三丰到福泉山修道，后逝于平越，1393年，沈万三仙逝后安葬于福泉山（贵州省福泉市福泉山下，现如今福泉山下仍有沈万三墓）。明弘治11年(1498年)由其五世孙沈延礼（又名沈安）率子沈博及女沈琼莲将沈万三遗骨从福泉山迁葬江苏周庄银子浜，名水底墓。