巴赫活着的时候，管风琴演奏家巴赫的名声大过作曲家巴赫。许多到教会及音乐会聆赏巴赫演奏管风琴的观众，除了想要感受动人心弦的乐音，也是为一睹他无影手和飞毛腿的绝技而来的。

被视为教会音乐灵魂的管风琴，内部构造非常复杂，它的发声系统是由一组一组的管子所组成的，一个管子只能发出一个音，不像笛子那样，所有的音律都是从同一根管子里发出来的。管子的数量从几十根到上千根都有，而且大小、形状、粗细，甚至材质都不一样，当空气穿过时，就会发出各种不同的声音，不管是小号、双簧管、长笛的声音，都可以发得出来。每一根管子上都有栓塞，按下琴键就等于拔出栓塞，让风箱里的风吹到管子里去。而管风琴的脚踏板也是用来发音的，每踏一下，就会发出一个比弹奏的音符还要低一点的音，因此踏板就如同一个小型的键盘，负责升降音的演奏。

演奏家弹奏一个音，可以只用一根管子，也可以同时动用上百根，来决定是让“小提琴”独奏，或是让“长笛”、“大提琴”和“小号”一起合奏。当所有的栓塞都被拔开时，可以想见现场情景一定非常壮观。如此看来，管风琴师演奏时要同时扮演指挥家和好几种器乐演奏家的角色，以一当百，非得有一定的敏捷性不可。巴洛克音乐中，华丽的“托卡塔”(toccata)最足以展现手脚演奏的高超技巧，这种题材的形式很自由，乐句通常连接着丰富的和声和快速音群，巴赫年轻时就曾谱写《D小调托卡塔与赋格曲》，这首曲子曲式奔放、情感起伏激烈，是一首充满热情与朝气的名作。

巴赫也许因为喜欢徒步旅行，练就了难以匹敌的飞毛腿和无影手，只要光是想像他演奏时，手脚并用、动作轻盈快速地追赶着紧凑乐音的那种刺激感，不由得就要站起来鼓掌了。

至于巴赫所创作的曲子，当他在世的时候，并没有受到特别的重视，甚至连他自己也不怎么在意。这是因为他的作品几乎都是为教堂礼拜日所作的圣咏歌曲，当时的音乐家通常会为某种特定的场合而作曲，这些曲子都是“随用随丢”的，演奏过一次后，乐谱就被拿去包鱼和面包了，而巴赫的乐谱之所以能够流传下来，勤于为他抄写乐谱的第二任妻子安娜功不可没。

巴赫的曲子是在他死后才被翻出来重听的，这都要归功于擅长用手划破寂静的指挥家门德尔松。1829年门德尔松首先发现了巴赫《马太受难曲》以及其他作品的珍贵价值，并且在莱比锡亲自指挥演出此曲，使听众们重新认识了这些伟大的经典之作，感受到巴赫的卓越和不朽。