【答案】：(1)用基于距离的方法构建系统发生树，如UPGMA方法。

(2)基于字母特征构建进化树。基于字母特征的方法是通过对利用序列比对得到的亲缘关系所构建的候选树的进一步分析来构建进化树。

(3)最大吝啬法(MP)。该算法的主要思想是利用拥有最短可能分支长度的进化树将是最好的系统发生树。