南京博物院包含六个主要场馆，它们分别是历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆以及民国馆。每个场馆都精心设计，以展示不同领域的文物和文化。

历史馆里，展出的文物从远古时代直至近代，涵盖石器、青铜器、陶瓷、书画等各类珍贵藏品。观众可以在这里追溯历史的脉络，感受中华文明的博大精深。

特展馆则不定期举办各类特展，主题多元，从艺术、科技到历史事件，应有尽有。这里往往能提供一些独特视角，让观众对特定领域有更深入的了解。

数字馆利用现代科技手段，让文物以数字形式呈现。观众可以近距离“触摸”文物，甚至通过虚拟现实技术进行沉浸式体验，获得前所未有的观展体验。

艺术馆则集中展示了各类艺术品，从绘画、雕塑到现代装置艺术，应有尽有。这不仅是对艺术美的展示，也是对创新精神的致敬。

非遗馆则专注于非物质文化遗产的保护与传承。这里展示的不仅仅是技艺，更是文化的活态传承，让观众感受到传统与现代的交融。

民国馆以民国时期的历史为线索，通过复原场景、实物展示以及多媒体互动，让观众仿佛穿越回那个时代，亲身感受民国社会的风貌。

南京博物院不仅拥有六个特色鲜明的场馆，还设有六个研究部门，包括考古研究所、文物保护研究所、古代建筑研究所、陈列艺术研究所、非遗保护研究以及古代艺术研究所。这些部门不仅为场馆的运营提供学术支持，还承担着中国博物馆中唯一民族民俗学研究机构的重任，致力于推动中华文化的保护与传承。