皮卡丘 － 小智最初的伙伴，具有顽强的性格，不愿意进入神奇宝贝球也不愿进化，起初与小智并不友好，在与烈雀的战斗中和小智建立了坚不可摧的友情。在皮卡丘离开小智的时候，它就负责起照看其他神奇宝贝的任务。除了小智一行人的神奇宝贝外，最要好的朋友就是一对皮丘。最初在EP001中出现。绝招：电击、十万伏特、打雷、电光一闪、铁尾、高速移动,高压电击
比比鸟 → 比雕 － 在EP003中，小智收服的第二只神奇宝贝，在关东地区的旅行中，比比鸟参加了一系列的道馆和联盟的比赛。EP082中，它为了保护常磐森林的波波和比比鸟进化成了比雕，并打败烈雀与大嘴雀群，并离开小智。绝招：烈暴风、飞沙脚、啄、翅膀攻击、旋风、电光一闪、旋转。
绿毛虫 → 铁甲蛹 → 巴大蝴 － 在EP003时，小智第一个收服的神奇宝贝。它喜欢小霞，但小霞却讨厌虫。在阻止火箭队的袭击中，它进化成了铁甲蛹。很快在EP004打败大针锋后进化成了巴大蝴。在EP021中，它与一只粉色的雌性巴大蝴邂逅，并离开了小智。绝招：冲击、吐丝、硬梆梆、睡眠粉、麻痹粉、旋风。
妙蛙种子 － 小智在EP010中得到的神奇宝贝，是继皮卡丘后在小智手上最久的神奇宝贝。在不思议花园中，妙蛙种子拒绝了进化。在EP226中，妙蛙种子回到了真新镇成为维持周边神奇宝贝和谐相处的守护者。妙蛙种子获得过草系神奇宝贝锦标大会亚军。之后更曾参加城都联盟和对战开拓区的比赛。顺带一提的是,妙娃种子是唯一曾在芳缘地区出现过的神奇宝贝。绝招：冲击、寄生种子、藤鞭、飞叶快刀、睡眠粉、阳光烈焰，挖地洞
小火龙 → 火恐龙 → 喷火龙 － 小火龙本是被另一位训练家抛弃的神奇宝贝，EP011中小智在雨中搭救使得小火龙最终加入了小智的队伍，在 EP042中打败椰蛋树军团后进化为火恐龙。进化后，火恐龙开始有些不听话，在EP045中，为了从化石神奇宝贝中救出小智，火恐龙进化成了喷火龙与化石翼龙战斗。随后喷火龙便不再听从小智，并因此使小智在神奇宝贝联盟石英大会的八分之一决赛时输给了阿弘。在橘子群岛曾经被冰冻，小智的悉心照料终于感动了喷火龙。喷火龙也成为了小智的主力。在EP135中，为了让喷火龙更好的修行，小智将它留在了喷火龙山谷。其后在烟墨道馆快暴龙暴走事件、城都联盟白银大会、对战工厂的比赛和对战金字塔的比赛中，喷火龙都有出现，并发挥了重要作用。绝招：喷射火焰、地球上投、龙之怒、旋风、愤怒、龙吸、火箭头槌、火焰漩涡、重击、瞪眼、燃烧殆尽、钢之翼。
杰尼龟 － 它本是在枯叶市附近制造麻烦的杰尼龟军团之首，在EP012中被小智收服。以它为首杰尼龟消防队曾经制造过许多麻烦，后来从良成为杰尼龟消防队。在EP148的神奇宝贝消防大赛中，遇上杰尼龟消防队，之后便返回队中。之后曾经回来参加城都联盟和对战开拓区的比赛。绝招：冲击、水枪、泡沫光线、缩壳、火箭头槌、水炮。
大钳蟹 → 巨钳蟹 － 小智在EP013收服的第七只神奇宝贝，一收服就被传送回大木博士研究所，个头要比小茂的大钳蟹小得多。在EP076中因打倒多武的椰蛋树进化成为巨钳蟹，与大木博士的感情似乎比小智还要好,可能因为小智比较少用它,只用过三次。绝招：瞪眼、泡泡、剪断、践踏、破坏死光、螃蟹拳、硬梆梆、水枪
拉达 － EP015中，小智参加了圣安奴号上举办的大会，并将巴大蝴与一个训练家的拉达交换，后来小智又换回巴大蝴。绝招：愤怒门牙。
火爆猴 － EP025，小智遇到它还是一只猴怪，为了追回帽子，小智与它战斗，并收服了它。火爆猴起初并不听从小智的命令。在EP029的P1杯格斗大赛中，小智对火爆猴的救助最终感动了他。后来小智决定让它留下来接受训练，成为真正的P1冠军。绝招：百万吨飞腿、手刀、地球上投、疯狂乱抓、搔痒、横冲直撞。
臭臭泥 － 在EP030之前是破坏发电厂的臭泥首领。小智收服它后，经常和大木博士及其他人黏在一起。喜欢压住其他人和神奇宝贝。绝招：泰山压顶、臭泥炸弹、拍击。
肯泰罗(30只) － 在EP035中野生原野区收服的神奇宝贝，喜欢快速奔跑。参加过橘子联盟、城都联盟与对战开拓区的比赛。绝招：角撞、地震、猛撞、地裂、影分身。
乘龙 － EP085中，小智为了拯救它并使他和家人团聚而收服了它。乘龙帮助小智一行人在橘子群岛间旅行，并参加了道馆赛和橘子联盟胜利者杯的比赛。 EP114中，小智将它送回了家人身边。在城都联盟的旅行中，小智又一次遇到了乘龙,现在已成为乘龙群的队长。绝招：水枪、急冻光线、冲浪、泰山压顶。
卡比兽 － 小智在EP095中收服的大胃王，非常特别，是一只懂得游泳（而且是蝶泳），而且速度亦比同类快的卡比兽。在橘子联盟决赛之前，卡比兽一睡不起，结果小智将它跟一只肯泰罗交换，往后就留在了大木研究所。后来它参加过城都地区的神奇宝贝相扑大会，并获得优胜，结果一下子吃光了奖品一年的食物。后来卡比兽还参加过城都联盟道馆比赛及白银大会和挑战对战开拓区的比赛。绝招：睡觉、铁头功、急冻拳、百万吨拳击、破坏死光、冲击、泰山压顶。
赫拉克罗斯 － 小智在EP120收服的神奇宝贝，喜欢吸食树枝和妙娃种子身上树汁，多次参加道馆赛和联盟比赛，之后在EP147中因为小智要参加肯泰罗对打大赛而被传送回大木博士研究所中。后来还参加对战开拓区的比赛。绝招：角撞、疯狂攻击、忍耐、冲击、猛撞、兆幅音频、闪光。
菊草叶 → 月桂叶 － 在EP127小智收服的神奇宝贝，它喜欢小智，并妒忌皮卡丘总是能够生活在神奇表神奇宝贝球以外。在EP201中逃脱火箭队后进化成了月桂叶。在前往芳缘时小智将它留在了大木研究所。绝招：飞叶快刀、藤鞭、泰山压顶、甜气、冲击。
火球鼠 － 在EP142中与另一名训练家比赛后，小智收服的火球鼠。刚开始的时候，火球鼠的火焰技能锻炼地并不好。在前往芳缘时小智将它留在了大木研究所。绝招：冲击、电光一闪、烟幕、高速星星、高速移动、喷射火焰。
小锯鳄 － 在EP152中，小智与小霞同时扔出了诱饵球收服了一只小锯鳄，小智通过神奇宝贝战斗战胜小霞得到了小锯鳄。它十分喜欢跳舞，而且他的跳舞有助于战斗。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。绝招：水枪、鬼脸、咬咬、火箭头槌、铁头功、劈开。
猫头夜鹰 － 在EP155中收服的神奇宝贝，具有异样的颜色，是罕见的色违神奇宝贝，智商非常高，小智收服它时已经十分吃力。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。绝招：催眠术、念力、冲击、啄、看破、烈暴风。
大针蜂 － EP162中，小智参加了自然公园捕虫大会收服的神奇宝贝，捕虫大会结束后，小智将它送给了奈奈。
金鱼王 － 在EP169小智参加金鱼王钓鱼战斗中临时拥有。