独立学院与民办学院都是民办教育体系的一部分，不过在实际运作和地位上，独立学院通常被认为具有更高的声誉。

首先，两者的举办方有所不同。独立学院的设立依据是教育部的行政规章，其举办者包括本科院校与社会上的个人。而民办学院的设立依据则是民办教育法，其举办方则主要由社会上的个人及组织构成。

其次，办学层次方面，独立学院的办学重点在于本科教育，而民办学院则在本科教育之外，还涵盖了专科教育。

最后，学历证书的印制也反映了两者之间的区别。独立学院的毕业证书上不仅有大学的印章，同时也有学院的印章。相反，民办院校的毕业证书上只有学校名称的印章。