在于来源与含义不同。

cDNA文库是由转录后的mRNA反转录得到的，会保留有表达的基因信息，可以用于克隆重组蛋白质和研究基因表达等方面；而基因组文库则是由基因组DNA直接克隆得到的，包含了全部或部分染色体上的DNA序列信息，可以用于研究基因的功能和组成等方面。

此外，基因组文库通常需要进行筛选，以保证克隆正确和覆盖度高，处理过程比较繁琐，但需要获取全基因组水平的信息。而cDNA文库则可以通过不同组织和某些条件的筛选，得到与特定生物过程相关的基因信息。