农村人居环境整治存在问题主要包括基础设施薄弱、环境卫生条件差、生态保护意识不足以及资金投入和管理机制不完善等。针对这些问题，有效的整改措施应涵盖加强基础设施建设、提升环境卫生管理水平、增强生态保护意识、完善资金投入和管理机制等方面。

首先，基础设施薄弱是农村人居环境整治面临的重要问题。许多农村地区缺乏必要的垃圾处理、污水处理和公共卫生设施，导致垃圾乱堆乱放、污水横流等现象普遍存在。为了改善这一状况，应加大基础设施建设力度，如建设垃圾收集和处理系统、污水处理设施以及公共厕所等。同时，要确保这些设施的运行和维护，避免其成为摆设。

其次，环境卫生条件差也是农村人居环境整治亟待解决的问题。由于缺乏有效的环境卫生管理，农村地区往往存在着畜禽粪便、农业废弃物等污染问题。为了改善环境卫生条件，应建立健全环境卫生管理制度，加强日常清扫保洁工作，定期清理河道、池塘等水体垃圾，保持环境整洁。

再者，生态保护意识不足也是导致农村人居环境问题的原因之一。许多农村居民对生态环境保护的重要性认识不足，存在着乱砍滥伐、过度开垦等破坏生态环境的行为。因此，应加强生态环境保护宣传教育，提高农村居民的生态保护意识。同时，要推广生态农业、循环农业等环保农业模式，减少农业生产对环境的污染。

最后，资金投入和管理机制不完善也是制约农村人居环境整治的重要因素。由于资金投入不足、管理机制不健全等原因，许多农村地区的人居环境整治工作难以持续开展。为了解决这一问题，应完善资金投入机制，加大政府财政投入力度，同时引导社会资本参与农村人居环境整治。另外，要建立健全管理机制，明确各部门职责分工，形成工作合力，确保农村人居环境整治工作取得实效。