南京的三本院校有南京大学金陵学院、南京理工大学紫金学院、中国传媒大学南广学院等。

1. 南京大学金陵学院：南京大学金陵学院是南京大学举办的全日制本科独立学院，以其高质量的教学和优美的校园环境而闻名。该学院在文科领域有着优秀的教育资源，特别是在文学、历史、哲学等方面拥有深厚的学术积淀。

2. 南京理工大学紫金学院：南京理工大学紫金学院是由南京理工大学和紫金山天文台联合办学的一所独立学院。该校工科专业实力较强，尤其在计算机科学与技术、电子信息工程等领域有着较高的教学水平。

3. 中国传媒大学南广学院：中国传媒大学南广学院是一所依托中国传媒大学的优质教育资源建立的独立学院。该学院在传媒领域具有显著优势，包括广播电视学、广告学等专业在国内外都有较高的声誉。

以上三所院校都是南京地区较为知名的三本院校，每所学校都有其独特的专业优势和特色。这些学校为南京乃至全国的学生提供了接受高质量本科教育的机会。