自动化工程师需要掌握的证书主要包括助理自动化工程师证书、自动化工程师证书和注册自动化工程师证书。这些证书的获取需要满足特定的专业背景和工作经验要求。

申请助理自动化工程师证书的人员需具备以下条件之一：大学自动控制理论及应用、自动化工程、计算机技术与应用、通信工程、机电一体化等专业背景。具体而言，大学本科毕业从事相关专业技术工作一年以上者；大学专科毕业从事相关专业技术工作两年以上者；中专毕业从事相关专业技术工作三年以上者；高中毕业从事相关专业技术工作四年以上者；或者从事相关专业技术工作五年以上，并取得国家承认的同等学历者。

对于想要申请自动化工程师证书的人员，要求则更为严格。具备大学自动控制理论及应用、自动化工程、计算机技术与应用、通信工程、机电一体化等专业背景的人员需满足以下条件之一：获得博士学位者；获得硕士学位，并且担任助理工程师职务2年以上或从事自动化系统专业技术工作2年以上者；获得双学士学位或研究生班毕业，并且担任助理工程师职务3年以上或从事自动化系统专业技术工作3年以上者，需提供工作单位相关证明材料；大学本科毕业或大学专科毕业，并且担任助理工程师职务4年以上或从事自动化系统专业技术工作4年以上者，同样需要提供工作单位相关证明材料。