学校的办学历史可追溯至1953年建立的山东省农林干部学校，历经山东省农业干部学校、山东省革命委员会“五七”干部学校、山东省“五七”干部学校、山东省级机关“五七”干部学校，1979年恢复山东省农林干部学校名称，1983年改建为山东省农业管理干部学院，2013年4月改建为山东农业工程学院，2024年被批准为学士学位授予单位。

山东农业工程学院淄博校区位于山东省淄博市鲁泰大道以南、中润大道以北、广州路以西，规划占地1016亩，总建筑面积43.7万平方米，其中地上41万平方米，地下2.7万平方米。