遗传背景清楚 ;目标基因表达水平高;表达系统成熟完善;易于培养（培养方法简单、生长快、培养周期短、抗污染能力强）、成本低;被美国FDA批准为安全的基因工程受体生物。

缺点：表达产物缺少饭以后的修饰（如糖基化、烷基化、磷酸化、特异性的蛋白水解加工等）；同时高表达时易折叠错误导致表达产物没有活性，而且大肠杆菌本身含有内毒素和有毒蛋白，可能混在产物里，应用受限。

真核基因在大肠杆菌中表达：

1，真核生物的启动子不能被原核细胞（大肠杆菌）的RNA聚合酶识别；

2，真核生物的mRNA上没有SD序列，因此不能被原核细胞核糖体结合；

3，真核生物的基因含有内含子，原核细胞缺乏见他们的转录物进行拼接加工的机制；

4，真核细胞的基因产物，往往需要翻译后加工，真核细胞缺乏翻译后加工有关的酶；

5，真核生物基因表达的蛋白质易被原核细胞蛋白酶所降解。