甲烷菌分解有机物的反应式为：C+O2＝CO2。CH4+2O2＝CO2+2H2O。甲烷菌是一种厌氧菌，无氧时可以发酵分解有机物产生甲烷。沼气池里的人粪尿、禽畜粪尿和农作物秸秆中含有很多有机物，被甲烷细菌利用，在无氧的条件下通过呼吸作用（或发酵。或无氧呼吸），把其中的有机物分解，产生可燃性的甲烷气体，用于照明、取暖等，是一种清洁的能源。