全院下设海洋仪器仪表研究所、激光研究所、山东省计算中心、山东省分析测试中心、自动化研究所、能源研究所、新材料研究所、生物研究所、中日友好生物技术研究中心、山东省科技发展战略研究所、情报研究所、高新技术产业（中试）基地等12家创新研究机构和省经济与信息化发展研究院等对外合作机构，分布在济南、青岛、济宁三个城市，并在临沂、济宁设立分院。全院占地面积1350亩，建筑面积20万平方米。资产总额20余亿元，大型科研仪器设备近千台套。