原核生物转录的终止有两种机制。一是需要蛋白质因子ρ（Rho）的参与，ρ因子能与转录中的RNA结合，启动ρ因子ATP酶活性，并向RNA的3’端滑动，划至RNA附近时，RNA聚合酶暂停聚合活动，使RNA:DNA解链分离转录的RNA释放种植转录。

另一是在立体系统中发现的，纯化的的RNA聚合酶不需要其他蛋白质因子的参与，可使转录终止，即不依赖ρ因子的转录终止机制，模板DAN在转录终止点附近有特殊核苷酸序列可以形成颈环结构影响RNA聚合酶的构象使转录暂停，DAN与RNA双链不稳定分离，转录终止。