福建农林大学的金山和旗山校区各有特色，主要区别体现在地理位置、校园规模、学科设置以及学习方式上。

金山校区坐落于福州市的金山社区，地理位置优越，交通便利，而旗山校区则位于福州市近郊的旗山社区，环境更为宁静。

在校园规模方面，金山校区占地面积更为广阔，拥有13个学院和4个研究生院，是一个综合性大学，而旗山校区主要由本科学院和研究生院组成，校园面积相对较小。

学科设置方面，金山校区因其位于市区，学科设置更倾向于应用学科，如经济、管理、法律等，而旗山校区位于近郊，学科设置则更注重理论学科，如植物保护、生态学、教育学等。

在学习方式上，金山校区的学习方式更注重实践和实习，学生有机会参与到实际生产和社会中，而旗山校区的学习方式则更注重理论知识的学习和研究，学生有更多的机会参与学术性的研究和实验。

综上所述，福建农林大学金山和旗山校区各有不同的特点和优势，具体选择应根据个人的兴趣和专业需求来决定。