芹菜抽薹后在薹的顶端形成盘状的复伞形花序，它是由若干长短相同的花柄着上由许多小花构成的单伞形花序（小花伞）共同组成一个盘状的复伞形花序（大花伞）。小花由5个萼片、5个花瓣、5个雄蕊和2个结合在一起的雌蕊组成。大花伞外围的花发育好，越向中心部位发育越差。

花枝的分枝能力很强，主枝上可分若干一级侧枝，其上又可分出若干二级侧枝……，健壮的植株可分到5～6级侧根。其开花次序也是先主后侧。不论是大花伞还是小花伞，开花的顺序都是由外围到中心。每个大花伞中有小花伞20个左右，每个小花伞中有单花10～20个。随着分枝级数的增加，大花伞中的小花伞数减少，小花伞中花数也减少。四级以下侧枝的小花伞数和开花数锐减，且开花晚，4～5级侧枝比主茎花盘和二侧花盘上开花期晚40～50天，且同时收获，因此种子成熟度差，发芽率低，利用价值低。为了使成熟期一致，可将3级以下的侧枝及时剪掉，通过整枝，种子产量和质量都会明显提高，但因为分枝数多，具体操作起来难度大。