史可法因祖上的荣誉得以世袭锦衣卫百户。传说史可法的母亲梦见文天祥来到他的屋里而受孕怀胎。万历三十年（1602年），史可法生于河南祥符县（今开封），因为孝顺被乡里人所知。史可法早年以孝闻名于乡，师从左光斗 。

崇祯元年（1628年），史可法登进士第，出任西安府推官，后迁户部主事、员外郎、郎中。 崇祯八年（1635年），史可法迁升为右参议，负责镇守池州、太平两地。同年秋，总理侍郎卢象升大举攻打农民军，史可法被改封副使，巡行安庆、池州等地，监江北军队。黄梅农民军攻掠宿松、潜山、太湖等地，史可法率军追击潜山天堂寨的农民军。

崇祯九年（1636年），滁州的农民军被祖宽击败后，逃往河南。十二月，农民军首领马守应联合罗汝才、李万庆从郧阳向东进犯，史可法转驻太湖，扼守要道。

崇祯十年（1637年）正月，农民军从安庆石牌的小路突围出去，驻扎在桐城。参将潘可大将其击败，农民军逃走途中又被庐、凤两地的军队阻拦，叛军被迫又逃回桐城，早桐城周围劫掠。史可法与潘可大率军围剿，叛军败走庐江，史可法与左良玉又在枫香驿将叛军击败。三月，潘可大与副将程龙在攻打宿松时阵亡，农民军分出同党摇天动，另外编为一营，合计八营共二十多万士兵，分别驻扎在桐城的练潭、石井、淘冲等地。总兵官牟文绶、刘良佐率军在挂车河将其击败。

崇祯十一年（1638年）夏，史可法因为长时间没有平定叛乱而获罪，朝廷令他戴罪立功。

崇祯十二年（1639年），史可法因为岳父的去世而离职。丧满后，史可法被用为户部右侍郎兼右佥都御史，接替朱大典总管漕运，巡抚凤阳、淮安、扬州等地。史可法弹劾罢免了三个督粮道，增设漕储道一人，大力疏通南河，使漕务大有整治。之后，调任南京兵部尚书，参赞机密政务，由于军队久不训练，没有战斗力，史可法上奏八条改革意见。 崇祯十七年（1644年），史可法听闻李自成进攻北京，率军进京勤王。军队抵达达浦口时，传来北京失陷、崇祯帝朱由检自缢的消息，史可法向北痛哭失声，以头撞柱，血流到脚上 。史可法为朱由检发丧，收到了张慎言、吕大器、姜曰广等人的文书：“福王朱由崧是神宗的孙子，按辈份、排行应当立为君王，但是他有七大缺点：贪、淫、酗酒、不孝、虐待下属、不读书、干预官吏。潞王朱常淓是神宗的侄儿，贤良而且聪明，应当立他为君。”史可法也认为如此。但凤阳总督马士英暗地与阮大铖商议，主张立福王朱由崧，并致书史可法称论伦理、论次序都应当拥立福王。史可法告诉他们朱由崧的七个缺点，但马士英联合了操江提督诚意伯刘孔昭、镇将刘泽清、刘良佐、高杰、黄得功等人，发兵护送朱由崧到仪真，史可法只得迎接 。

朱由崧访孝陵、奉先殿，出外住在内守备府，群臣上朝拜见朱由崧，朱由崧想避开，史可法劝说：“不能回避，应当认真接受臣子的朝见。”朱由崧上朝后，开始讨论战守的问题。史可法说：“福王您应当身穿孝服，住于郊外，发兵北征，来向天下显示您一定要报国家之仇的道理。”朱由崧连声说是。第二天朝见之后，大臣们出来讨论朱由崧监国的事，张慎言说：“国虚无主，福王就此可以即皇位。”史可法说“：太子生死不明，如果有一天太子到南边来了怎么办？”诚意伯刘孔昭说“：今天已经说定了，谁敢再有更改？”史可法说：“慢慢再说吧。”于是大家退出。第三天，朱由崧监国，朝廷推选内阁大臣，大家都推举史可法、高弘图、姜曰广。刘孔昭揎拳攘臂想入内阁大臣的行列，群臣用本朝没有勋臣入阁的先例阻止了他。刘孔昭愤愤地说：”就算我不能，马士英为什么不能入阁呢？”于是又一并推举马士英为内阁大臣，又讨论填补大臣的空缺，推选了郑三俊、刘宗周、徐石麒。孔昭推选阮大铖，史可法说：“先帝亲自定他为违逆案犯，不要再说了。”过了两天，任命可法为礼部尚书兼东阁大学士，同马士英、高弘图是一起任用的，可法仍然掌管兵部的事务，马士英仍然督军镇守凤阳，于是和北京过去一样又制定了京军制度，侍卫部队和锦衣卫各军都列入军队进行操练，锦衣卫东西两司房，以及南北两都的抚司官，不再全部设立，以防止告密，安定人心。 马士英一天到晚想当首辅大臣。等到朝廷的命令发布后，他非常恼怒，就把史可法以前列举朱由崧不该立的七条理由进呈给朱由崧。然后带兵入见朱由崧，递上奏章就走了。史可法于是请求统帅军队，外出镇守淮安、扬州两地。五月十五日，朱由崧即皇帝位于武英殿，以次年为弘光元年。史可法入朝辞别，被加封为太子太保，改任兵部尚书、武英殿大学士。马士英在这一天入朝值勤，讨论把江北划分为四镇，东平伯刘泽清管辖淮、海等地，驻军泗水，经理开、归一路。总兵官刘良佐统辖凤、寿等地，驻扎在临淮，经理陈、杞一路。靖南伯黄得功统辖滁、和等地，驻军庐州，经理光州、固始一路。史可法动身后，就派遣使臣寻访已故帝、后的灵柩以及太子、二王所在的地方，并奉命前往祭告凤、泗二陵。

南明此时处在清朝、闯王两方面压力之下，史可法为首的诸臣，主要采取的策略是“联虏平寇”。希望能够借重满清的力量，首先剿灭流寇李自成势力，再谋求后续打算 。然而南明朝中却不能同仇敌忾，反而仍旧党争不断，文、武官员之间互相勾心斗角、争权夺利。东林党人与马士英、阮大铖之间的矛盾，以及姜曰广、高弘图、刘宗周等人的辞官，说明了明朝廷的无法齐心向外，也因此种下弘光朝败亡的原因。崇祯十七年七月二十八日，多尔衮致书史可法，扬言“联闯平南”，而史可法在给多尔衮回信中只是为弘光朝廷继统的合法进行辩解，没有拿出对付清军的办法。九月，清河道总督杨方兴劝说多尔衮要不惜一切代价夺取江南地区 。而此时清廷对南明政权态度也发生转变，多尔衮致书史可法，以正统自居，否认弘光朝廷的合法地位，要求南明君臣无条件投降 。

史可法离开后，马士英、刘孔昭等更加肆无忌惮。刘孔昭因为张慎言推举吴甡，在大殿上闹闹嚷嚷，并持刀追杀慎言。史可法听说此事后上疏劝解，刘孔昭最终没能让福王任用吴甡。史可法祭二陵完后，上书说“：陛下刚登位时，恭恭敬敬地拜见孝陵，哭泣之声足见您心中的悲哀，路上的行人也为之感动。如果您亲自拜见凤、泗二陵，看到满目蒿莱，无鸡鸣狗吠的凄惨景象。想必会更加悲愤。我希望陛下能善始慎终，身居于高大舒适的宫殿时，能想到东北皇陵中先帝魂魄不能安息；享受宫廷的美餐时，能想到东北的皇陵中连麦子稀饭都没摆上一碗；当得到瑞应之图、吉祥符瑞时，能想到先帝储才防败，怎么还会忽然遭遇危亡？早朝晏席结束时，能想到先帝一生克俭克勤，怎么最终还是国破家亡？陛下如果办事小心谨慎，任何时候都不懈怠，已故皇上、皇后还有列祖列宗都会在冥冥之中帮助我朝中兴。假如晏乐、偏安于东南一隅，不考虑长远的策略，不辨贤人和奸人，决策不够灵活、明达，使老成的官吏离职而去，英雄豪杰裹足不前，列祖列宗在地下抱怨、担心，天命在不知不觉中他向转移，那么东南一隅也是无法保住的啊！”朱由崧予史可法以口头嘉奖。

史可法失势之后自请督师江北，前往扬州统筹刘泽清、刘良佐、高杰、黄得功等江北四镇军务机宜 。当时，黄得功、刘泽清、高杰争着想要驻军扬州。高杰率兵先到扬州边界，一路大肆奸淫掳掠，所经之地尸横遍野。城中开始惧怕，登上女墙守备，高杰攻打了两个月。泽清也在淮上大肆掠夺。临淮不接纳刘良佐的军队，也遭到攻击。朱由崧命令史可法前往劝解，得功、良佐、泽清都听从命令，于是，到高杰那里去。高杰一向惧怕史可法，听说可法要来，他连夜掘出近百个土坑埋葬地面上的尸骸。第二天早上来到军营中拜见史可法，脸色和言辞都变了，汗流浃背。史可法却坦诚地接待他，跟他的偏将讲话也用温和的语气，高杰喜出望外，然而从这以后他也有点轻视史可法，开始用自己的优势兵力防护左右，文檄也一定自己过目后才肯传递。史可法简单地把他们的情况上报给福王，又把他的兵力驻守在瓜洲，高杰对此又非常高兴。等他离去后，扬州得以安定下来，史可法于是在扬州开设府署。

六月，李自成被清军击败，放弃北京率兵向西逃跑，青州等各郡县开始争先恐后地杀死他设立的官员，占据城堡自卫。史可法请求朱由崧颁布监国、登极两个诏书，安抚山东、河北军队和百姓的思想。并开设礼贤馆，招收各地有才智的人，让监纪推官应廷吉主管此事。八月，史可法外出巡视淮安，检阅刘泽清的兵马。返回扬州，向朝廷请求粮饷，作为进取北方的费用。马士英吝啬不肯送发，史可法上疏朱由崧催促他。借此对朱由崧说：“近来人才日益减少，入官门路日益混乱，由此慕名之心胜而务实之心少，议论的事情很多但成功的事情很少。现在的局势更和以往不同。一定要专心于讨伐乱贼，报复国仇才行。除却筹兵筹饷不应有什么别的议论，除却治兵治饷没有人才之可言。如有捡拾空虚词句，谋取高官厚禄的人，有罚无赦！”朱由崧只以诏书回应史可法。

当初，史可法担心高杰蛮横不法，派黄得功在仪真驻军防备他。九月，黄得功与高杰兵戎相向，高杰理亏。靠着史可法的和解事情才得以解决。北京原来投降大顺的大臣们此时纷纷南下回朝，史可法上书建议说：“原籍在北方的大臣，应该让他们到吏部、兵部听候录用，否则恐怕会使他们南下回朝之心绝灭。”又说“：北京的祸变，凡属臣子的都有罪愆。在北方的官吏如果都应当跟先帝一道去死，难道在南京的都不是先帝的大臣？像我不才，在南京主管枢机，马士英沾了国恩担任凤阳总督，都没有能率领东南的全部优势兵力迅速支援北都。镇守大臣刘泽清、高杰因兵力不能支持，倒过来向南方逃跑。如此说来，先应该追究的，是我们这些大臣的罪过。竟然因为圣明的陛下您入继王位，不仅没加诛杀，而且一次次得到恩典。南方的大臣如此，而单单对于在北方的大臣们毫毛不放，一概绳之以法，岂不是闲散小吏，罪责反比南枢、凤督还要重大了吗？我以为应该选择那罪状显著的降官，严加惩治，以示指教。如果大臣未曾接受乱贼的任命，或曾受乱贼刑罚的，可以撇开不加问罪。那些在北方逃避战乱，犹豫多时而后才到朝廷来的，允许他们戴罪入官，讨伐敌人，这些人可以到我领的军队里酌情录用。”朝廷经议论听取了他的意见。

高杰驻兵扬州，很不驯服，史可法对他开诚布公，用君臣的大义启发、开导他，高杰终于感悟，接受上方的领导。十月，高杰率领军队北讨，史可法到清江浦，派遣官吏在开封屯田，为经略中原地区做准备。各镇兵力划分防守地区。从王家营向北到宿迁一带最为要冲，史可法亲自负责，沿黄河的南岸筑起了一道保垒。十一月四日，史可法乘船驻于鹤镇，信使报告清军部队已进入宿迁地区，可法率兵进抵白洋河，命令总兵官刘肇基前往支援。清军部队回头攻打邳州，肇基又援助当地驻军，与清军相持半个月才解邳州之围。 弘光元年（清顺治二年，1645年），初，史可法亲自安排高杰率军北上河南，意图协助清军讨伐李自成 。正月十二日夜，高杰到达睢州后，在故袁可立府第内被河南总兵许定国杀死，史称“睢州之变”。清军乘机南下。史可法闻讯长叹无法克复中原。 他伤心备至，亲自赶往高军营中做善后工作，立高杰子为兴平世子，外甥李本深为提督，胡茂祯为阁标大厅（即中军），李成栋为徐州总兵。高杰妻邢氏耽心儿子幼小，不能压众，她知道史可法没有儿子，提出让儿子拜史可法为义父。但史可法却因为高部是流贼出身，坚决拒绝，命高杰子拜提督江北兵马粮饷太监高起潜为义父。

二月，史可法从徐州回到白洋口。阎尔梅当时正在史可法幕中，劝他渡河复山东，不听；劝之西征复河南，又不听；劝之稍留徐州为河北望，又不听”，一以退保扬州为上策 。

同年四月，左良玉率数十万兵力，由武汉举兵东下，要清君侧，“除马阮” 。当时，史可法移军驻泗州，保护明朝祖陵 。马士英竟命史可法尽撤江防之兵以防左良玉。史可法只得兼程入援，抵燕子矶，以致淮防空虚 。左良玉为黄得功所败，呕血而死，子左梦庚率全军投降清朝；史可法奉命北返，此时盱眙降清，泗州城陷。史可法遂至扬州，继续抵抗清军的进攻。 弘光元年（清顺治二年，1645年）四月，多铎兵围扬州。当时，有谣传称许定国军要来歼灭高家军，扬州城中士民全都砸坏城门外出逃命，大小船只为之一空 。史可法传檄诸镇发兵援救，刘泽清北遁淮安降清，仅刘肇基等少数兵至，防守见绌。此时多尔衮劝降，史可法致《复多尔衮书》拒绝投降。四月十七日，清军进至距离扬州二十里处下营，次日兵临城下 。史可法“檄各镇援兵，无一至者” 。

四月十九日，高杰部提督李本深率领总兵杨承祖等向清豫亲王多铎投降，广昌伯刘良佐也率部投降；史可法于扬州西门楼写下四道遗书给他的家人，在他死后，希望夫人和他一起以身殉国，愿归葬钟山明太祖孝陵之侧 。四二十一日，总兵张天禄、张天福带领部下兵马投降，随即奉多铎之命于二十四日参加攻取扬州。扬州城里只有总兵刘肇基部和何刚为首的忠贯营，兵力相当薄弱。

由于城墙高峻，清军的攻城大炮还没有运到，多铎派人招降史可法、淮扬总督卫胤文，遭到严词拒绝。四月二十一日，甘肃镇总兵李栖凤和监军道高歧凤带领部下兵马四千入城，两人的意思却是劫持史可法，以扬州城投降清朝。史可法毅然说道：“这是我殉国的地方，你们打算做什么，如何想要富贵，请你们自便。”李栖凤、高歧凤见无机可乘，于四月二十二日率领所部并勾结城内四川将领胡尚友、韩尚良一道出门降清。史可法以倘若阻止他们出城投降恐生内变为理由，听之任之，不加禁止。

四月二十四日，清军以红衣大炮攻城。入夜扬州城破，史可法自刎，被众将拦住。众人拥下城楼，大呼曰：“我史督师也﹗”被擒住后，史可法拒绝投降而被杀。

清军占领扬州以后，多铎以不听招降为由，下令屠杀扬州百姓。屠杀延续了十天，死亡逾八十万人，史称“扬州十日”。尸骨堆积如山，史可法遗体难以辨认，不知下落，一年后，其义子史德威以袍笏招魂，将其衣冠葬于扬州城天甯门外梅花岭。后来全祖望曾写《梅花岭记》描述此事。

史可法殉国后，南明赠谥“忠靖”。清乾隆三十七年（1772年），清廷赠史可法谥“忠正”。