令德堂课士，仍为传统书院规制，所延聘山长、分校都是对经史古学造诣颇深的儒生，如主讲王轩（洪洞人）为同治壬戊进士，幼治三礼，习许氏《说文》，于地理学、金石考订颇有成就；协讲杨笃（乡宁人）为同治甲子举人，精三礼，尤专训古。王、杨均为光绪《山西通志》的主要纂修人；协讲杨深秀（闻喜人）为光绪丁丑进士，治朴学，为后来著的“戊戌六君子”之一。

光绪而十六年（1900年），义和团运动爆发，天主教士安怀珍、刘博第等强占为临时教堂，学堂因此停办。其肄业生后来一律转入新设立的山西大学堂，山西大学堂之中学专斋最初的教学内容和方法多承袭令德堂旧制，而山西大学堂创办人之一谷如墉及教师田应磺、张友桐、董化时等都是令德堂早年之毕业生。

并晋阳书院，两书院可算做山西大学的前身。