西藏黄堇是一种小型草本植物，其形态特征独特。它的植株高度通常在5-20厘米之间，呈现出稍带肉质的灰绿色，主根粗壮，有2-3根茎。根茎上端保留着鞘状叶柄的痕迹。茎部分则呈现出花葶状，要么无叶，要么仅有1片，自基生叶腋处生长。基生叶数量众多，与茎等长，叶柄基部附有干膜质叶鞘。叶片长度可达4-6厘米，宽度为2-2.5厘米，呈二回羽状全裂，分为7-10枚互生或近对生的一回羽片，其中顶生的大羽片深裂为3片，侧生的小羽片则2-3深裂，裂片形状为长圆形或倒卵形，约4-6毫米长，1.5-2.5毫米宽。

花序为总状，位于植株顶部，包含（3-）5-10朵花。苞片呈披针形，边缘整齐，有时下部稍有分裂，长度约为7-8毫米，宽度为2毫米。花梗长度约1厘米。花的形态上，萼片小而鳞片状，近圆形，直径约1毫米，边缘有不规则小齿。花色为硫黄色，外花瓣背部带棕色，具有鸡冠状突起的特征。上花瓣长度通常在1.5-1.8厘米，渐尖，距与瓣片等长，呈圆筒形，有时略向下弯。下花瓣稍短，长1厘米。内花瓣长9毫米，顶端带棕色，爪与瓣片等长。雄蕊束形似披针，具有中肋。柱头扁四方形，顶端有4个乳突，两侧基部下延，侧面可能有不明显乳突。花后果实为线状椭圆形或长圆形，长7-9毫米，宽约2.5毫米，残留的花柱长度为（3-）4-5毫米，末端呈弯曲状。种子数量通常为4-6枚，排列成近2列，直径约1.5毫米，呈深黑色，光泽亮丽，种阜则相对较小。